Nykøbing Mors Kirke ligger i byens midtpunkt, hævet 1½ meter over gadeniveau. Kirken er bygget i 1891 i nygotisk stil, og den er bygget på samme plads, som den tidligere Sct. Clemens Kirke lå på. Den var en sengotisk langhuskirke, der blev nedrevet i 1889, efter at man havde konstateret, at den var for faldefærdig til at kunne anvendes som kirke.

Den nuværende kirke er 44 meter lang. Skibet, hvis bredde er 12,5 meter, er dækket af en 11,6 meter høj tøndehvælvning, der er beklædt med træ, mens koret, der er hævet lidt i forhold til skibet, har halvkuppelhvælvning.

Med sine 43,3 meter hæver det kobbertækkede spir sig til et dominerende og alligevel yndefuldt vartegn, der kan ses viden om.

Tøndehvælvet er dekoreret efter udkast af dekorations- og glasmaler Christen Nielsen Overgaard, København, medens professor ved Kunstakademiet August Jerndorff, der har malet altertavlen stået for udsmykningen af hele koret.

I 1995 blev der gennemført et betydeligt arbejde i kirkens indre, idet samtlige bænke blev istandsat og malet, og gulvene under bænkene afhøvlet. Som farvekonsulent var tilknyttet billedkunstneren Terese Licht Nielsen fra København, der tidligere har været behjælpelig med farvesætning i kirkegårdens kapel.

 Alle linier i kirken peger op mod det samlende midtpunkt, som altertavlen er, også meningsmæssigt, når den udtrykker temaet "Jesus som trøster".

Det uddybes ved, at Jesus sidder blandt hverdagsmennesker, der er hentet ind fra arbejde, glæder og sorger. Det understreges ved, at de gyldne farver i felterne på og ved altertavlen er ført ned i kirkerummet, idet bænkegavlene også er forsynet med gylden kant.

Under et besøg i Nykøbing Mors Kirke i 1852 gav Grevinde Danner, Kong Frederik den 7.'s gemalinde, tilsagn om at give en altertavle til kirken. Den kom i 1856. Da den nuværende kirke blev taget i brug blev alterbilledet anbragt i den østre korsarm, hvor det stadig hænger.

I 1999 fik alteret en ny alterplade, der svarer til resten af alteret, udført af stenhuggermester Steen Jensen, Nykøbing Mors. Det er professor ved Kunstakademiet i København August Jerndorff, der har malet alterbilledet, som viser Kristus, siddende midt i en skare af syge, bedrøvede og i hvert fald hverdagsmennesker. Vel nok et brud på en gængs tradition, at det ikke er bibelske personer, eller personer på Jesu tid, der optræder på billedet. Her er det personer fra byen og nærmeste omegn, der i hverdagstøj sidder eller står omkring Kristus som konge, klædt i purpurkåbe og med guldglorie.

Prædikestolen er en renaissance-prædikestol fra 1605. I sin stil adskiller den sig ikke fra mange andre prædikestole på egnen. Den er overordentlig smuk udført. I forbindelse med opstillinger i den nuværende kirke blev den gamle kirkes prædikestol afrenset for tidligere tiders bemaling. Lydhimlen er fra 1890.

Den granitdøbefont, vi har i Nykøbing Mors Kirke i dag, blev oprindeligt lavet til den gamle middelalderkirke. Døbefonten har imidlertid ikke været i kirken gennem alle årene. I forbindelse med en kirkerestaurering i 1856 fik man lavet en flot egetræsdøbefont, som man mente ville passe bedre til kirkens gamle, smukke prædikestol. Granitdøbefonten blev derefter solgt, om kom siden til at fungere som drikketrug for kreaturer hos en landmand.

Orgelet er fra 1943 og er bygget af Marcussen og Søn, Aabenraa. I 1979 skete der en yderst tiltrængt fornyelse af dele af orglet samt en udbygning af instrumentet, så det nu har et smukt spillebord med 32 stemmer, 3 manualer og pedalværk, altså et hovedværk, et rygpositiv, et svelleværk og pedalværk, udført af Bruno Christensen og Sønner i Tinglev.

En trist skæbne har fulgt kirkeklokkerne i Sct Clemens Kirke i Nykøbing Mors. Grunden er de mange ildebrande, der hjemsøgte byen og dens kirke. Første gang, der tales om kirkeklokkerne er i året 1573. At der har været klokker før den tid er givet, men flere er gået tabt ved byens første store brand i 1560. Kong Frederik den 2. havde bragt i erfaring, at der ved Dueholm Kloster fandtes 3 klokker, som kun sjældent blev brugt.

Lensmanden på Dueholm Fr. Abel Skeel fik derfor brev om at udlevere den største af disse klokker til indvånerne i Nykøbing Mors, som savner en klokke til deres kirke. Dateret Skanderborg Slot den 4./2. 1573. År 1887 findes der beretning om, at kirken havde 4 klokker, min i 1715 indtraf byens anden store brand, hvor kirken - og særlig tårnet - led stor skade, idet 3 kirkeklokker smeltede. Een var i behold, og den virkede de næste 7 år.

I 1722 skænkede Kirsten Dadsdatter midler, der skulle bruges til de smeltede kirklokkers reparation, hvilket herefter skete. Men så indtraf i august 1748 byens tredie store brand, hvor det også gik alvorligt ud over kirken. Provst Schade skriver, at de to mindste klokker er omstøbt. Indskrifterne på de to største og ældste klokker står ligelydende på latin: "Gloria in excelcis deo me fecit Friderich Hotzmann Hafnia 1722". Oversat Ære være Gud i det høje, Friderich Hotzmann har lavet mig i København 1722.